伊賀流忍者在戰亂時代主要從事諜報活動。其發祥地伊賀市宣告成為「忍者市」，並將保留於該市的農家移建到上野公園成為博物館。忍者屋內有當時最先進的火藥術及守護忍術的機關，屋內有忍者和女忍者（KUNOICHI）進行導覽。機關門、迴轉門、隱刀等結合實際示範的導覽充滿臨場感，相當受到好評。在「忍術廣場」會舉辦忍術實演秀，充滿速度感與力量的武術表演廣受各年齡層與不同國籍的觀眾喜愛。另外也透過各式各樣的資料展示，介紹平常過著農民生活、重視「正心」的忍者生活。附設的店鋪內有販售橡皮製手裡劍、T恤等忍者商品，不妨在這裡挑選伴手禮。可由會說外語（以英文為主）的忍者進行導覽（需洽詢），館內各個角落也都設有翻譯成英語的導覽板。